论文

Multilayered nucleotide organization reveals purifying selection and host-driven adaptation in CPV and FPV

作者:Xili Feng,Liwen Xu,Chengqi Zhang,Jianhua Zhou,Xue Bai

刊物名称:BMC Veterinary Research

发表年月:Jun 2026

摘要内容:由于猫泛白细胞减少症病毒(feline panleukopenia virus,FPV)被认为是犬细小病毒(canine parvovirus,CPV)最可能的祖先,对CPV与FPV同源病毒基因的核苷酸组成开展全面比较,有助于揭示两种病毒分化背后的进化动力学特征。本研究从多层核苷酸组成层面解析了 CPV 和 FPV 基因的进化模式。两种病毒在非同义位点的核苷酸使用高度保守,其Ka/Ks特征提示受到强纯化选择作用,而同义位点变异程度更高。四种病毒基因中均显著缺失 CpG 二核苷酸,提示存在宿主相关选择压力和 / 或固有核苷酸组成约束。同义密码子使用、密码子比邻核苷酸环境及密码子对使用模式均存在广泛的非随机偏好,进一步证明自然选择与核苷酸组成约束共同塑造了精细的基因组优化特征。结构蛋白基因(VP1、VP2)相比非结构蛋白基因,表现出更强的密码子使用偏好与更高的 tRNA 适配性。此外,CPV 基因对猫宿主的翻译适应性高于犬宿主。上述结果表明,亲缘关系相近的细小病毒可利用灵活的核苷酸组成特征,在维持核心蛋白功能的同时实现宿主适应。

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CPV和PFV两种病毒每个基因的ENC与GC3含量关系图

原文链接:https://link.springer.com/article/10.1186/s12917-026-05651-0