1956年11月20日,经吉林省人民委员会批准，由省农业厅着手筹建的，前身为“吉林省特产试验站”。

1957年6月29日，经吉林省人民委员会批准，改名为“吉林省特产研究所”。

1959年8月27日，以野生动物研究室为基础成立了“中国农业科学院毛皮兽研究所”。从此，确立了特产所属于吉林省和中国农业科学院双重领导体制。

1969年6月30日，吉林省革命委员会决定将吉林省特产研究所和吉林特产学院撤销，由原所、院和原省委机关毛泽东思想学习班在左家共同组建了吉林省左家“五·七”干校。

1973年11月28日，吉林省委又决定将吉林省左家“五·七”干校与吉林省青沟“五·七”干校合并为吉林省“五·七”干校，隶属省委组织部。

1974年初吉林省“五·七”干校党委决定，将干部轮训和特产科学研究分开管理，实行以干校党委统一领导下的两个车轮一起转的领导体制。

1976年1月23日，中共吉林省委办公厅决定将特产 研究所（含原特产学院）从省“五·七”干校中分离出来，归吉林省农业局领导。

1981年10月7日，农业部和吉林省人民政府批准，特产所从1982年1月1日起，恢复中国农业科学院和吉林省农业委员会双重领导，以中国农科院为主的领导体制，定名为“中国农业科学院特产研究所”。

2011年1月，科研主体迁入长春市。